Los cambios hechos en el archivo php.ini no se aplican, ¿que ocurre?

Si tras hacer un cambio de configuración observas que el cambio de configuración que has hecho no se lleva a cabo, no te preocupes, tiene su explicación.

Lo que ocurre es que tu scripts se ejecuta vía FastCGI y en está modalidad, se precarga un interprete de PHP que será el encargado de ejecutar tus scripts. Mientras este interprete se mantenga precargado los cambios de configuración no se aplicarán, ya que la configuración únicamente se lee al carga por primera vez el interprete.

Por tanto, la solución es forzar a que el interprete de PHP se vuelva a cargar. Para hacer esto, lo más sencillo es acceder a tu cuenta vía SSH y matar todos los procesos de tu usuario ejecutando el siguiente comando:

pkill -u <usuario>

De todas formas, es mejor que ejecutes el siguiente comando:

for x in `ps x | grep php | grep -v grep | awk '{print $1}'`; do kill -9 $x; done